喫煙科学研究財団は、評議員会、理事会を中心に運営されています。また、助成研究課題の選考審査、評価のため、理事長の諮問機関として医学等の専門家で構成される研究審議会が設置されているほか、個々の課題の評価に当たる研究評価委員が委嘱されています。